Bem, eventualmente eu respondo minha própria pergunta:Não é possível usar a autenticação do Windows de uma máquina linux usando o driver Microsoft JDBC. Isso é possível usando o driver jTDS JDBC usando a seguinte string de conexão:
jdbc:jtds:sqlserver://host:port;databaseName=dbname;domain=domainName;useNTLMv2=true;
Obrigado a todos por todos os comentários
