Você precisaria gerenciar a restrição referencial nos bancos de dados usando um Trigger.
Basicamente, você cria um gatilho de inserção e atualização para verificar a existência da chave na tabela de chaves primárias. Se a chave não existir, reverta a inserção ou atualização e trate a exceção.
Exemplo:
Create Trigger dbo.MyTableTrigger ON dbo.MyTable, After Insert, Update
As
Begin
If NOT Exists(select PK from OtherDB.dbo.TableName where PK in (Select FK from inserted) BEGIN
-- Handle the Referential Error Here
END
END
Editado: Só para esclarecer. Essa não é a melhor abordagem para impor a integridade referencial. Idealmente, você gostaria de ambas as tabelas no mesmo banco de dados, mas se isso não for possível. Então o acima é um trabalho em potencial para você.