Com um índice clusterizado, as linhas são armazenadas fisicamente no disco na mesma ordem que o índice. Portanto, pode haver apenas um índice clusterizado.
Com um índice não clusterizado, há uma segunda lista que possui ponteiros para as linhas físicas. Você pode ter muitos índices não clusterizados, embora cada novo índice aumente o tempo necessário para gravar novos registros.
Geralmente, é mais rápido ler de um índice clusterizado se você quiser recuperar todas as colunas. Você não precisa ir primeiro ao índice e depois à tabela.
A gravação em uma tabela com um índice clusterizado pode ser mais lenta, se houver necessidade de reorganizar os dados.