você não gostaria de "re-preparar" a mesma consulta várias vezes. este é o propósito da instrução prepare. você o prepara uma vez, liga a(s) variável(eis), então simplesmente troca os valores das variáveis e executa novamente cada iteração do loop.
http://www.php.net/manual/en/pdostatement.bindparam .php
fazê-lo dessa maneira aumentará muito seu desempenho em relação aos métodos alternativos.