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Como fazer uma junção no MySQL onde a chave é uma substring da key2?


Se refs.isbn é substr de pdfrefs.isbn você pode usar um simples like para join 
SELECT
    dfrefs.title,
    pdfrefs.isbn,
    REGEXP_SUBSTR(refs.isbn,pdfrefs.isbn),
    refs.url,
    refs.isbn,
    pdfrefs.link_to_pdf
FROM refs
JOIN pdfrefs ON  pdfrefs.isbn like concat('%',refs.isbn, '%');