Não há a maneira (TM) de fazê-lo. Mas a partir de 5 anos de experiência em hibernação, começo com modelagem, depois escrevendo à mão o DDL. Eu recomendo não deixar o hibernate criar suas tabelas porque o hibernate não pode criar índices e restrições decentes e normalmente você precisa de um script db init para teste, integração e ambiente de produção. Migrar dessa maneira também é mais fácil.

Quando as tabelas estão todas configuradas deixo as entidades serem geradas pelo IDE. Sempre me confundo com as relações inversas...

Após o desenvolvimento, normalmente analiso o modelo novamente para adicionar índices ausentes.

Com o hibernate você não pode definir chaves primárias como GENERATE ALWAYS , restrições como id > 0 . O Hibernate também usará como padrão uma sequence formiga não adicionará sequences por mesa. Os recursos mais recentes do Oracle e do SQL Server não são suportados.

Eu li uma vez que o hibernate deve ser usado depois que o modelo for implementado, mas deve ter sido 3.xe acho que o hibernate 4.x aprendeu alguns truques novos.