Você deve usar pt-online-schema-change , uma ferramenta para automatizar operações ALTER TABLE para MySQL, sem travando a mesa. Faz parte do Percona Toolkit, uma coleção gratuita de ferramentas auxiliares indispensáveis para desenvolvedores MySQL e DBAs.
$ pt-onlines-chema-change h=localhost,D=mydatabase,t=mytable \
--alter="add column mod_time timestamp"
Você pode continuar lendo e escrevendo a tabela original enquanto pt-online-schema-change está funcionando. Quando terminar, ele troca automaticamente os nomes das tabelas e descarta o original.
Você pode ver uma gravação de um webinar sobre esta ferramenta por seu designer. A visualização é gratuita, mas requer registro:http://www.percona.com/webinars/2012-05-02-zero-downtime-schema-changes-in-mysql
