Obtendo resultados de consulta de tabelas de 2 db, mesmo quando a segunda tabela não possui entradas correspondentes

O.P disse:

O problema é que o where cláusula filtra o conjunto de resultados, então seu teste para um req.status de 2 ou 5 joga fora qualquer coisa onde req.status é nulo porque nenhuma linha corresponde à tabela applications .

A ordem geral, teórica (já que nada além de uma implementação trivial faria algo assim) de operações para um select afirmação é:

Produza o produto cartesiano completo de cada tabela listada no from cláusula.
Filtre isso aplicando a join especificada critérios e linhas eliminadas que não passam nos testes especificados.
Aplicar os critérios de filtro especificados em where cláusula, removendo as linhas que não passam nos testes especificados.
Ordenar os resultados definidos nas expressões especificadas no group by cláusula e particione o conjunto de resultados em grupos.
Recolher cada grupo em uma única linha, computando o valor de todas as funções agregadas especificadas.
Remova todas as colunas do conjunto de resultados que não estão listadas na select lista de colunas de instruções.
Ordenar estes resultados finais definidos pelas colunas/expressões especificadas no order by cláusula.

Você pode fazer uma das duas coisas:

altere sua consulta para testar a nulidade:

where...( req.status is null OR req.status in (2,5) )...

mova o teste para req.status para os critérios de junção:

left join requests req on req.app_id =  apps.id
                      and req.uid    =  {$user_id}
                      and req.status in (2,5)