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Como substituir NULL por 0 na consulta?


Não há necessidade de envolvê-lo com outro CASE/COALESCE/IFNULL ou qualquer coisa, basta usar a CASE EXPRESSION ELSE , caso todas as condições não sejam atendidas, o ELSE será usado. 
UPDATE users 
           SET reputation = reputation +
                            CASE WHEN id = ? THEN 2
                                 WHEN id = ? AND NOT ? THEN 15
                                 ELSE 0
                            END
          WHERE id IN (?, ?);