Isso porque você está fazendo referência ao EF 6 e o ​​MySQL Connector ainda não oferece suporte ao EF6. Você pode fazer o downgrade para o EF 5 ou obter o MySQL Connector Alpha.

Faça isso (MANTENHA UMA CÓPIA DO QUE VOCÊ ACABOU DE COLAR):

1. Apague todas as referências ao EF6
2. Obtenha o EF 5 do Nuget (abra um console do NuGet e digite Install-Package EntityFramework -Version 5.0.0 )
3. Regenere suas entidades
4. Certifique-se de obter o <DbProviderFactories> e <providers> seções como você tem.