Graças ao comentário de @marcus-adams, descobri. Você precisa usar '/qn', '/x' e '{installer:mysqlUninstallKey}' como argumentos separados na ação 'Executar arquivo executável ou em lote' de install4j. Se você usar 1 argumento com espaços, não funcionará. Com isso, ele funciona em 32 bits e 64 bits.