Essa é uma maneira muito estranha de construir sua consulta :-S
Pode ser escrito desta forma (assumindo que o projeto tem muitos projetos de tempo):
$result = $this->Project->find('all', array(
'conditions'=>array(
'Project.id'=>implode(",", $projectTimeArray)
),
'joins'=>array(
array(
'table'=>'project_times',
'alias'=>'ProjectTime',
'type'=>'INNER',
'conditions'=>array(
'ProjectTime.project_id = Project.id',
'ProjectTime.user_id'=>$this->Auth->user('id'),
'ProjectTime.date_entry >='=>$firstDay
'ProjectTime.date_entry <=' => $lastDay
),
'order'=>array('ProjectTime.date_entry'=>'ASC'),
'group'=>array('ProjectTime.date_entry')
)
)
));
(Digitado no editor, não testado;-)