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Como converter a tabela MySQL em JSON usando PHP?


Para estar no lado seguro, use json_encode assim:
$real = array_map(function($a) { return $a["real"]; }, $rows);
$orcamento = array_map(function($a) { return $a["orcamento"]; }, $rows);
$desvio = array_map(function($a) { return $a["desvio"]; }, $rows);

echo json_encode(array(
    array('name' => 'orcamento', 'data' => $orcamento),
    array('name' => 'real', 'data' => $real),
    array('name' => 'desvio', 'data' => $desvio)
));

(mas em essência em sua saída original o [ e ] para cercar os objetos estão faltando e você precisa usar aspas duplas " para citar as chaves e strings)