Já pensou em usar mysqlimport? Você pode ler sobre isso aqui:http://dev.mysql. com/doc/refman/5.1/en/mysqlimport.html
Eu provavelmente não faria nada com a exclusão das tabelas originais, porque então você tem que recriar todas as suas chaves estrangeiras, índices, restrições, etc., o que é uma bagunça e um pesadelo de manutenção. Renomear tabelas também pode causar problemas (como se você tiver sinônimos para as tabelas, não tenho certeza se o mysql tem sinônimos).
O que eu faria, no entanto, é desabilitar as chaves antes de carregar os dados.
ALTER TABLE tbl_name DISABLE KEYS
Em outras palavras, ao carregar os dados, você não quer que eles tentem atualizar os índices porque isso diminuirá a velocidade do carregamento. Você deseja que os índices sejam atualizados assim que o carregamento for concluído.
Então eu acho que combinando mysqlimport com a dica acima, você deve conseguir uma carga realmente eficiente.
