O que você quer mudar na verdade são as cores para realce de sintaxe. Essas cores são armazenadas em um arquivo xml e atualmente não há GUI para alterá-las. Mas você pode editar o arquivo xml diretamente (reinicie o MySQL Workbench para pegar qualquer alteração). Procure o arquivo code_editor.xml no diretório de instalação do MySQL Workbench.
Existem seções para cada servidor MySQL suportado como:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<languages>
<language name="SCLEX_MYSQL">
<!-- This is the base language setting. It's usually not directly used, but provides values shared by
more specialized MySQL versions. -->
<!-- Lexer properties -->
<property name="fold" value="1" />
<property name="fold.compact" value="0" />
<property name="fold.comment" value="1" />
...
<style id="1" fore-color="#A0A0A0" /> <!-- SCE_MYSQL_COMMENT -->
<style id="2" fore-color="#A0A0A0" /> <!-- SCE_MYSQL_COMMENTLINE -->
...
</language>
...
</languages>
Há um número de tags de estilo, cada uma especificando uma cor de fundo e de fundo (e estilos como negrito, itálico) para cada tipo de token. É aqui que você pode ajustar as cores para o que quiser. Faça uma cópia do arquivo original caso precise restaurá-lo.
