Tente encaminhar nesta ordem:

1. Criar manualmente os campos que devem ter uma restrição de chave estrangeira no MySQL WB
2. Envie o engenheiro para seu banco de dados
3. Criar manualmente as restrições de chave estrangeira no MySQL WB
4. Engenheiro avançado novamente

Você também pode considerar usar apenas uma chave estrangeira inteira.

Este parece ser um problema do MySQL Workbench com chave estrangeira em chave não inteira.

Fonte:Erro 1215:não é possível adicionar restrição de chave estrangeira