I depende muito da sua situação:

• 
  Existem pessoas usando o aplicativo antigo? - Isso significa que você não pode realmente criar outro banco de dados para seu novo aplicativo se quiser acessar novas informações.
  
• 
  Existe realmente a necessidade de mudar as relações dos modelos? - Eu não acho que você deve mudar a menos que você realmente precise.
  
• 
  Custo - Quanto tempo você está disposto a gastar na migração?
  

Nota:Você pode modificar quase tudo em seu modelo para lidar com a estrutura de banco de dados/tabela anterior.