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consulta INSERT SELECT quando uma coluna é única


Sem testar, eu esperaria que algo assim fizesse o truque (supondo que a coluna id seja denominada id) 
INSERT INTO new_table 
    SELECT email, user_name, password 
    FROM old_table 
    INNER JOIN 
        ( SELECT MIN(id) FROM old_table GROUP by user_name ) minids
    ON minids.id = old_table.id