Este é um tempo limite de conexão MySQL comum, é necessário configurar o pool de conexão para verificar se a conexão retornada está ativa, leia a documentação relacionada "evitando tempos limite de inatividade do banco de dados ":
use uma consulta de validação nas configurações do pool de conexões:
<param name="validationQuery" value="SELECT 1" />
você também deve considerar o uso de vinculação de banco de dados , pois cloudbees-web.xml está obsoleto:
bees app:bind -a APP_ID -db DB_ID validationQuery="SELECT 1"