As atualizações seguras ser viável para você? Esta é uma opção que você pode habilitar na linha de comando, no arquivo de opções ou definir uma variável no código SQL que impede atualizações e exclusões sem um where cláusula que inclui as colunas-chave que definem as linhas a serem alteradas.

No MySQL Workbench existe uma configuração em Preferences -> SQL Editor -> Safe Updates (rejects UPDATEs and DELETEs with no restriction) . Acredito que isso esteja ativado por padrão.