Desenvolvi muito do componente Zend_Db para Zend Framework através da versão 1.0. O objetivo era que os adaptadores funcionassem de forma idêntica, ou o mais próximo possível da extensão PHP.

O mesmo conjunto de testes de unidade pode ser executado em ambos os adaptadores MySQL, praticamente sem diferença. Em termos de desempenho, não há diferença mensurável.

A razão pela qual você escolheria um sobre o outro, e a única razão pela qual suportamos o Mysqli, em vez de apenas PDO_MySQL, é que você precisa implantar em um ambiente PHP onde não tenha a extensão PDO habilitada e não não tem o privilégio de modificar o ambiente. Por exemplo, um ambiente de hospedagem de commodities.