Acabei de passar uma hora nesse mesmo problema; Você provavelmente cometeu o mesmo erro de digitação que eu.

O problema para mim estava no .yml definição do esquema. Na seção onde defini as relações entre minhas tabelas eu tinha esta entidade alvo:

targetEntity: mlEmailNotif

ao invés de

targetEntity: MlEmailNotif

Assim, o 'm' minúsculo faz com que a doutrina crie um novo alias para uma nova tabela (a comparação php diferencia maiúsculas de minúsculas).