Experimente LINES TERMINATED BY '\r\n'

Isso funcionará para arquivos que terminam com '\r\n', mas também com '\r' e '\n'. Dos documentos do MySQL:

[EDITADO]

Você também precisa adicionar \r\n à cláusula FIELDS TERMINATED BY para dizer ao analisador para não incluir os símbolos de fim de linha no último campo da primeira linha. Então

FIELDS TERMINATED BY ';, \t\r\n'

funcionará na maioria dos casos.