Se você disser que as consultas mais populares são baseadas em tempo, recomendaria usar uma única coluna que armazena o tempo como na sua primeira opção .

Você pode escolher sua própria época para o aplicativo e trabalhar a partir daí.

Isso deve simplificar as consultas que precisam ser escritas ao pesquisar os intervalos de tempo.

Veja também 10.3.1. Os tipos DATETIME, DATE e TIMESTAMP