Você precisa ter um conjunto de linhas contendo todos os valores possíveis de suas habilidades.
MySQL falta uma maneira de fazer isso, então você terá que gerá-lo de alguma forma. Se você tiver esse conjunto de resultados, basta emitir:
SELECT skill, COUNT(*)
FROM (
SELECT 'Install' AS skill
UNION ALL
SELECT 'Configure' AS skill
UNION ALL
SELECT 'Setup' AS skill
UNION ALL
SELECT 'Blah' AS skill
) s
JOIN users u
ON find_in_set(s.skill, u.sets)
GROUP BY
s.skill
Como você mencionou que tem suas habilidades em uma tabela separada, use essa tabela:
SELECT skill, COUNT(*)
FROM skills s
JOIN users u
ON find_in_set(s.skill, u.sets)
GROUP BY
s.skill
Isso, no entanto, nunca corresponderá aos erros de digitação, eles serão apenas ignorados.
