Da documentação do Django:Este recurso é um atalho, não uma geração de modelo definitiva. Consulte a documentação do inspectdb para obter mais informações. (Referência:https://docs.djangoproject.com/en/1.8 /howto/legacy-databases/ )
Você precisará limpar manualmente os modelos e migrar. A linha que você terá que adicionar para adicionar o campo "id" é:
id = models.IntegerField(primary_key=True)
Aviso:eu definitivamente criaria uma cópia do banco de dados para brincar, em vez do original. Isso provavelmente levará algumas tentativas e erros para acertar. Depois de ter certeza absoluta de que está certo, você pode alterar
Managed=True , mas seja MUITO cuidadoso! 
