Use um gancho de evento imediatamente após definir seu mecanismo:
from sqlalchemy import event
def disable_query_cache(conn, record):
conn.cursor().execute("SET SESSION query_cache_type = OFF")
# this is probably in your Pyramid setup code
engine = create_engine(...)
if DEBUGGING:
event.listen(engine, 'connect', disable_query_cache)
Você pode fazer isso globalmente adicionando o gancho ao
Pool class em si, mas (a) você provavelmente deseja que as configurações da Pyramid estejam disponíveis de qualquer maneira, para que possa decidir se deve ou não adicionar o gancho e (b) o estado global é ruim :) 
