Você não precisa de duas conexões, se ambos os bancos de dados estiverem localizados no mesmo servidor mysql e você acessar ambos como usuário único.
Você também não precisa selecionar um banco de dados.
Basta usar o nome do banco de dados como prefixo ao especificar as tabelas:
<?php
mysql_connect("localhost","root","pass") or die(mysql_error());
$query = "SELECT * FROM asteriskcdrdb.cdr";
$result = mysql_query($query)or die(mysql_error());
var_dump($result);
$query2 = "SELECT * FROM pj8v2.tb_did_avalaible";
$result2 = mysql_query($query2)or die(mysql_error());
var_dump($result2);
?>
O verdadeiro problema no seu código é:só pode haver um banco de dados ativo, deve funcionar assim:
<?php
$conn1 = mysql_connect("localhost","root","passw0rd") or die(mysql_error());
$conn2 = mysql_connect("localhost","root","passw0rd",true) or die(mysql_error());
mysql_select_db("asteriskcdrdb",$conn1);
$query = "SELECT * FROM cdr";
$result = mysql_query($query,$conn1);
var_dump($result);
mysql_select_db("pj8v2",$conn2);
$query2 = "SELECT * FROM tb_did_avalaible";
$result2 = mysql_query($query2,$conn2);
var_dump($result2);
?>
Embora não haja necessidade de 2 conexões, você pode selecionar ambos os DBs usando a mesma conexão.
