Aqui estão 3 possibilidades:

1. 
   Os dados nunca chegaram ao banco de dados em primeiro lugar. Algo aconteceu em outro lugar, então os dados desapareceram. Talvez problemas de rede intermitentes, servidor sobrecarregado, bug de aplicativo.
   
2. 
   Uma transação de banco de dados não foi confirmada e foi revertida. Talvez um bug no código do seu aplicativo, talvez alguns dados inválidos tenham estragado as coisas, talvez tenha ocorrido uma exceção de simultaneidade etc.
   
3. 
   Um bug no mysql.
   

Eu olharia para 1. e 2. primeiro.