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Como usar string .format() em uma instrução MySQL?

Usando declarações preparadas (maneira segura):

qry = """
    SELECT *
    FROM db
    WHERE run_start_date BETWEEN '%s 16:00:00' AND '%s 16:00:00'
""" # 

today = DT.date.today()
week_ago = today - DT.timedelta(days=7)
today = str(today.strftime('%Y-%m-%d'))  # Convert to string
week_ago = str(week_ago.strftime('%Y-%m-%d'))  # Convert to string

cursor.execute(qry, [today, week_ago])

Usando .format() que deixa você em risco de injeções sql (se você passar a entrada do usuário para .format(), por exemplo)

qry = """
    SELECT *
    FROM db
    WHERE run_start_date BETWEEN '{today} 16:00:00' AND '{week_ago} 16:00:00'
""" # Use named placeholders, nicer to read, prevents you having to repeat variables multiple time when calling .format()

today = DT.date.today()
week_ago = today - DT.timedelta(days=7)
today = str(today.strftime('%Y-%m-%d'))  # Convert to string
week_ago = str(week_ago.strftime('%Y-%m-%d'))  # Convert to string

qry = qry.format(today=today, week_ago=week_ago)
cursor.execute(qry)