Eu usei extensivamente o MS SQL Server. A principal diferença é que o MS SQL Server funciona apenas com a plataforma Windows. MySQL funciona com todas as plataformas. O MySQL é de código aberto e agora comprado pela Oracle, então ninguém sabe o destino do MySQL. Se você trabalha com plataforma .NET ou Windows, sugiro trabalhar com MS SQL, senão a escolha óbvia é MySQL. LAMP usa MySQL. Grandes empresas como o Facebook usam LAMP e, portanto, MySQL. Muitos bancos como o Chase usam .NET e, portanto, principalmente MS SQL Server. Se você é um fã do Windows, vá para o servidor MS SQL. Se você é um cara que acredita em código aberto, vá para o MySQL.