Inserir em índices em geral mata o desempenho. Talvez seja melhor remover o índice antes de inserir os dados e reindexar após a inserção.
De http://forum.percona.com/s/m/983/ :
Confira também http:// /www.mysqlperformanceblog.com/2007/05/24/predicting-how-long-data-load-would-take/ e http://www.linuxtopia.org/online_books/ database_guides/mysql_5.1_database_reference_guide/insert-speed.html .
