como dito em documentação do plugin , basta colocar um sinal "+" antes do nome da imagem para importar.

A razão pela qual "excluir" está marcada é que o comportamento padrão do magento para imagens base é evitar replicá-las na galeria de imagens "extras".

No entanto, algumas extensões exigem que a imagem base seja exibida na lista de imagens extras.

Aliás, eu também aconselharia usar a versão git mais recente do magmi , que é muito mais atual e tem várias melhorias