Isso pode não estar exatamente no tópico (já que estou usando repositórios SpringData), mas quando estava procurando a resposta para o meu problema, acabei aqui, então isso pode ajudar a próxima pessoa.
o seguinte e meu campo de versão não estava sendo retornado atualizado.
savedJpa = repository.save(updateJpa);
No final, minha solução foi
savedJpa = repository.saveAndFlush(updateJpa);