MYSQL último login e número de logins nos últimos 3 meses

Primeiro resolva cada problema separadamente:

SELECT A.UserID, MAX(TIME) AS LastLogin  
FROM UserMaster A  
LEFT JOIN UserWebActivity B
ON A.UserID = B.UserID  
AND Activity = 'Login'  
GROUP BY A.UserID

SELECT A.UserID, COUNT(Activity) AS Logins
FROM UserMaster A  
LEFT JOIN UserWebActivity B ON A.UserID = B.UserID  
AND Activity = 'Login'  
AND TIME BETWEEN (NOW() - INTERVAL 3 MONTH) AND NOW( )  
GROUP BY A.UserID

Teste-as separadamente para garantir que cada uma dessas consultas funcione como você deseja e ajuste-as, se necessário.

Então, quando você estiver feliz que ambos funcionem, junte os resultados:

SELECT T1.UserID, T1.LastLogin, T2.Logins
FROM
(
    SELECT A.UserID, MAX(TIME) AS LastLogin  
    FROM UserMaster A  
    LEFT JOIN UserWebActivity B
    ON A.UserID = B.UserID  
    AND Activity = 'Login'  
    GROUP BY A.UserID
) AS T1
JOIN
(
    SELECT A.UserID, COUNT(Activity) AS Logins
    FROM UserMaster A  
    LEFT JOIN UserWebActivity B
    ON A.UserID = B.UserID  
    AND Activity = 'Login'
    AND TIME BETWEEN (NOW() - INTERVAL 3 MONTH) AND NOW()
    GROUP BY A.UserID
) AS T2
ON T1.UserID = T2.UserID

Isso permitirá que o MySQL faça melhor uso dos índices para as diferentes consultas.