Sua técnica atual parece bastante prática. Apenas uma pequena mudança.
Em vez de esperar pelo erro e criar colunas uma a uma, você pode simplesmente exportar o esquema, fazer um diff e descobrir todas as colunas ausentes em todas as tabelas.
Assim daria menos trabalho.
Seu gui será capaz de exportar apenas o esquema ou o seguinte switch no mysqldump será útil para descobrir todas as colunas ausentes.
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname1 > dbdump1.sql
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname2 > dbdump2.sql
Diferenciar dbdump1.sql e dbdump2.sql lhe dará todas as diferenças em ambos os bancos de dados.
