Você pode usar o DATE_FORMAT função em suas seleções.
Para a data:
'%Y-%m-%d'
Por tempo:
'%H:%i:%s'
Então algo como:
UPDATE `table`
SET `datetimecol` = CONCAT_WS(' ', DATE_FORMAT(`datecol`, '%Y-%m-%d'), DATE_FORMAT(`timecol`, '%H:%i:%s'))
'%Y-%m-%d'
'%H:%i:%s'
UPDATE `table`
SET `datetimecol` = CONCAT_WS(' ', DATE_FORMAT(`datecol`, '%Y-%m-%d'), DATE_FORMAT(`timecol`, '%H:%i:%s'))