Supondo que todos os id apareçam em ambas as tabelas (idealmente apenas uma vez):
update tmpList inner join table1 using (id) inner join table2 using (id)
set table1.ts = tmpList.ts_value, table2.ts=tmpList.ts_value;
Atualização:simplesmente usar junções esquerdas em vez de junções internas faz com que isso funcione mesmo para ids que estão apenas em uma tabela - a cláusula set inaplicável parece apenas ser ignorada; Eu deveria ter tentado antes, aparentemente.
