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tabela atualiza espaços vazios quando o usuário não digita nada na caixa de texto


Você usa $_POST para 'name/pos/dep/tag' e $_GET para 'emp', então você provavelmente não está recebendo os valores. Altere os GETs para POST - isso deve funcionar. d recomendar o uso de POST sobre GET.GET é mais apropriado para pesquisa.

Além disso, você pode colocar todas as suas consultas de atualização em uma consulta de atualização.
$name = $_POST['name'];
$pos = $_POST['pos'];
$dep = $_POST['dep'];
$tag = $_POST['tag'];
$emp = $_POST['emp'];

$qry_start = "UPDATE gpl_employees_list SET ";
$where = " WHERE emp_id = $emp";
$fields = "";
$updates = "";

if($name){
  $updates .= " `emp_name` = $name,";
}
if($pos){
  $updates .= " `emp_pos` = $pos,";
}
if($dep){
  $updates .= " `emp_dep` = $dep,";
}
if($tag){
  $updates .= " `emp_tag` = $tag,";
}
$updates = substr($updates, 0, -1); //To get rid of the trailing comma.
$qry = $qry_start . $updates . $where;