Estou tendo problemas para iniciar um aplicativo de VM gerenciada usando Java, então não posso testá-lo agora, mas parece que você pode aproveitar esta biblioteca para se conectar a um soquete Unix de Java. Há um exemplo em que você só precisa alterar o caminho do soquete:
props.put("junixsocket.file", "/cloudsql/project-id:region:instance-id");
Onde
project-id é o nome do seu projeto, region é a região em que sua instância do Cloud SQL reside (por exemplo, us-east1 ) e instance-id é o nome da sua instância cloud-sql. A string estará nas propriedades da sua instância de segunda geração em "Nome da conexão da instância". 
