Você pode usar o
-m
opção para especificar um arquivo que contém um comando a ser executado na conexão remota. Exemplo:
C:\Progra~1\Putty\putty.exe -ssh -m C:\cmd.txt [email protected]
Conteúdo de
C:\cmd.txt
mysql -u USER -pPASS db < /tmp/dump.sql
Da Documentação do Putty :