Você pode usar o
-m opção para especificar um arquivo que contém um comando a ser executado na conexão remota. Exemplo:
C:\Progra~1\Putty\putty.exe -ssh -m C:\cmd.txt example@sqldat.com
Conteúdo de
C:\cmd.txt mysql -u USER -pPASS db < /tmp/dump.sql
Da Documentação do Putty :
