Confira minha resposta:https://stackoverflow.com/a/51879119/173149

Eu não gosto de poluir java opções ou propriedades do sistema, que são inúteis em contêineres de aplicativos em qualquer caso...

Você pode definir o certificado SSL para conexão MySQL programaticamente com:

Está documentado:

• https://dev.mysql.com/doc/connector-j/5.1/en/connector-j-reference-configuration-properties.html
• https://dev.mysql.com/doc/connector-j/5.1/en/connector-j-reference-using-ssl.html