Use o Unix Time em todos os lugares. Está usando UTC, então é o mesmo para todos os fusos horários. Os métodos para datas geralmente convertem para ele e voltam usando as informações de fuso horário que eles têm, para que você tenha um horário correto.
Alternativamente, você pode usar o Unix Time apenas para transferir o tempo de um computador para outro (como do banco de dados para o servidor executando PHP ou para o cliente JavaScript). Existem funções para converter para ele e dele em todos os idiomas. Para o MySQL é:
UNIX_TIMESTAMP(date)
FROM_UNIXTIME(unix_timestamp)
Dessa forma, você pode ter seu horário formatado corretamente no banco de dados e nos logs, mas ainda tem o horário local correto em todos os lugares.
