É possível adicionar um servidor MySQL no SQL Server como um servidor vinculado.
Depois de configurá-lo, você pode consultar usando OPENQUERY assim:
SELECT t1.colA, t2.colB
FROM SQLdbName.dbo.tablename AS t1
INNER JOIN OPENQUERY(MySQLlinkedservername,
'SELECT colA, colB FROM tablename') AS t2
ON t1.colA = t2.colA
