Mysql
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DELETE DE HAVING COUNT(*) no MySQL


Conforme declarado no manual :

Acho que você terá que realizar esta operação através de uma tabela temporária:
CREATE TEMPORARY TABLE temp
  SELECT   part_desc
  FROM     ag_master
  GROUP BY part_desc
  HAVING   COUNT(*) > 1000;

DELETE FROM ag_master WHERE part_desc IN (SELECT part_desc FROM temp);

DROP TEMPORARY TABLE temp;