Sim, o MySQL usa seu índice para classificar as informações quando a ordem é pela coluna classificada.

Além disso, se você tiver índices em todas as colunas que adicionou ao SELECT cláusula, o MySQL não carregará os dados da tabela em si, mas do índice (que é mais rápido).

A diferença entre índices combinados e separados é que o MySQL não pode usar mais de um índice por consulta, portanto, se sua consulta filtrar por muitas colunas e você quiser indexá-la corretamente, será necessário criar um índice combinado de todas as colunas.

Mas antes de adicionar muitos índices às suas tabelas, lembre-se de que cada índice torna as operações de inserção/atualização/exclusão mais lentas.

Eu também recomendo o MySQL de alto desempenho livro de O'Reilly que abordará em profundidade todas essas questões e muitas outras dicas que você precisa saber realmente poder usar o MySQL até o limite.