MySQL Workbench roda em Windows e Linux. A versão comercial permitirá que você faça engenharia reversa e edite a estrutura de um banco de dados ao vivo, com a versão gratuita, primeiro você deve despejar a estrutura em um arquivo. Seu ancestral DBDesigner é um pouco mais antigo, mas não tem essa limitação. Windows e Linux também.

Se esses dois forem exagerados, você pode tentar com HeidiSQL , o descendente do MySQLFront. Ele roda apenas no Windows, mas há uma versão alfa rodando em Java.