Acho que o que você está encontrando é uma limitação do console MySQL. Dada uma lista de instruções, o console MySQL executa cada uma independentemente de quaisquer erros gerados. Mesmo se você implementou algumas das sugestões de aumento de erro que os comentários anteriores mencionaram, o console MySQL não irá parar de executar quando tal erro for encontrado.

Presumo que você não tenha os recursos para aplicar uma linguagem de script ao problema que possa executar seu SQL para você e lidar com os erros. Acho que neste caso, você só precisa de uma ferramenta mais robusta que o console MySQL.

Administrador MySQL faz o que você precisa, se eu entendi seu problema corretamente. Se você configurar sua conexão MySQL e se conectar ao banco de dados, terá duas ferramentas disponíveis no menu Ferramentas. O console MySQL normal está lá, mas você também tem o MySQL Query Browser.

Se você abrir o Query Browser, obterá uma visualização GUI decente de seus bancos de dados MySQL. Arquivo -> Abrir Script para abrir seu script SQL e, em seguida, use o botão Executar.

Você obtém uma boa barra de progresso e, mais importante, pelos sons dela, se uma consulta falhar, a execução do script é interrompida e destaca a consulta com falha. Você pode optar por ignorá-lo e continuar, ou até mesmo modificar manualmente seus dados e iniciar de outro lugar mais abaixo no script.

Abandonei o console MySQL quase imediatamente assim que descobri e tentei o Administrador.