Erro:tempo limite de inatividade do handshake no módulo Node.js MYSQL

Ok, o tempo limite vem da linha do arquivo Protocol.js:162. Se você verificar o node-mysql, verá que é uma variável "timeout" para consultas. Se você definir o tempo limite para algo muito maior que 10.000, o padrão, o erro deve desaparecer. Um exemplo é

pool = require('mysql').createPool({
    connectionLimit : 1000,
    connectTimeout  : 60 * 60 * 1000,
    acquireTimeout  : 60 * 60 * 1000,
    timeout         : 60 * 60 * 1000,
    host            : process.env.DB_HOST,
    user            : process.env.DB_USERNAME,
    password        : process.env.DB_PASSWORD,
    database        : process.env.DB_DATABASE
});

Você também pode editar o tempo limite no arquivo Sequence.js (node_modules/mysql/lib/protocol/sequences/Sequence.js)

this._timeout  = 100000;