Do MySQL documentação :
Basicamente, a única vez que um
ORDER em uma união será útil se você estiver usando LIMIT também. Então, se sua consulta foi assim:
(SELECT * FROM `jokes` WHERE `flags` < 5 AND (`title` LIKE "%only three doors%" OR `joke` LIKE "%only three doors%") ORDER BY `ups` DESC,`downs` ASC LIMIT 10)
UNION ...
Então você veria os primeiros dez registros que seriam retornados com base nessa ordem, mas eles não seriam necessariamente exibidos em ordem.
ATUALIZAÇÃO:
Tente isso -
(SELECT *, 1 as ob FROM `jokes` WHERE `flags` < 5 AND (`title` LIKE "%only three doors%" OR `joke` LIKE "%only three doors%") )
UNION
(SELECT *, 2 as ob FROM `jokes` WHERE `flags` < 5 AND (`title` LIKE "%only%" OR `joke` LIKE "%only%") )
UNION
(SELECT *, 3 as ob FROM `jokes` WHERE `flags` < 5 AND (`title` LIKE "%three%" OR `joke` LIKE "%three%") )
UNION
(SELECT *, 4 as ob FROM `jokes` WHERE `flags` < 5 AND (`title` LIKE "%doors%" OR `joke` LIKE "%doors%"))
ORDER BY `ob`, `ups` DESC,`downs` ASC LIMIT 0, 30
